ตามที่สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงมีพระราชดำริบางประการเกี่ยวกับ การอนุรักษ์พันธุกรรมพืช “การสอนและอบรมให้เด็กมีจิตสำนึกในการอนุรักษ์พืชพรรณนั้น ควร ใช้วิธีการปลูกฝังให้เด็กเห็นความงดงาม ความน่าสนใจ และเกิดความปิติที่จะทำการ ศึกษาและอนุรักษ์พืชพรรณต่อไป การใช้วิธีการสอนการอบรมที่ให้เกิดความรู้สึกกลัวว่า หากไม่อนุรักษ์แล้วจะเกิดผลเสีย เกิดอันตรายแก่ตนเอง จะทำให้เด็กเกิดความเครียด ซึ่งจะเป็นผลเสียแก่ประเทศในระยะยาว”

โครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจาก พระราชดำริฯ ได้ดำเนินงานสนองพระราชดำริ จัดตั้งงาน “สวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน” เพื่อเป็นสื่อในการสร้าง จิตสำนึกด้านอนุรักษ์พันธุกรรมพืช โดยให้เยาวชนนั้น ได้ใกล้ชิดกับพืชพรรณไม้ เห็นคุณค่า ประโยชน์ ความ สวยงาม อันจะก่อให้เกิดความคิดที่จะอนุรักษ์พืชพรรณ ต่อไป ซึ่งสามารถดำเนินการสวนพฤกษศาสตร์ในพื้นที่ของโรงเรียน โดยมีองค์ประกอบดังกล่าว เป็นสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน ใช้ในวัตถุประสงค์ดังกล่าว อีกทั้งใช้ในการศึกษาและเป็น ประโยชน์ต่อเนื่องใน การเรียนการสอนวิชาต่างๆ

การดำเนินงานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน ดำเนินการโดยนักเรียน มีครูอาจารย์เป็นผู้ให้คำแนะนำสนับสนุน ผู้บริหารเป็นหลักและผลักดัน มีโครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริฯ เป็นสนับสนุนทางวิชาการ สวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน จึงเป็นการดำเนินงานของโรงเรียนโดยสมัครใจ ที่จะนำแนวพระราชดำริและแนวทาง การดำเนินงานที่โครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริฯ ให้คำแนะนำมาปฏิบัติ โดยเปิดโอกาสให้แต่ละโรงเรียนดำเนินงานตามความพร้อม ไม่ฝืนธรรมชาติ และนำพืชพรรณไม้ใน โรงเรียนพัฒนาเป็นฐานการเรียนรู้ เป็นสื่อการเรียนการสอนในวิชาต่างๆ อันจะเกิดผลประโยชน์แก่นักเรียน ครู อาจารย์ที่ดำเนินงาน

จากพระราชดำริ และพระราโชวาทของสมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ในเรื่องของงานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน ซึ่งมีความสอดคล้องกับงานปกติในเรื่องของการเรียนการสอนที่เน้นผู้เรียนเป็นสำคัญ ดังนั้น ทางโรงเรียนปัณณวิชญ์ จึงได้มีการประชุมปรึกษาหารือ และมีความเห็นตรงกันว่าจะร่วมกันสนองพระราชดำริ ฯ ดำเนินงานงานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน จึงได้สมัครเป็นสมาชิกงานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน ของโครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริ ฯ เมื่อวันที่ ๑๒ กันยายน พ.ศ.๒๕๖๕ ลำดับเลขสมาชิก ๗ – ๑๓๑๖๐ – ๐๐๒